صنَّف الشيخ محمد المدني في كافة فنون المعرفة ولمْ يَترك علما إلا وألَّف فيه إذ مكنه تكوينه الديني واللغوي المتين من تعاطي تفسير القرآن والحديث و إصدار الفتاوى، حسب المذهب المالكي، إلى جانب الشعر والرسائل والحكم الصوفية.
امتاز أسلوبه في التفسير بالوضوح والسلاسة إلى جانب الجمع بين المعاني الظاهرة والمعاني الباطنة وأهمُّ أعماله:
مؤلفات الشيخ محمد المدني في القرآن :
- المعرفة الواضحة في تفسير سورة الفاتحة، 1921
- الروضة الجامعة في تفسير سورة الواقعة، 1929
- رسالة النور (في تفسير آية الله نور السماوات)، 1949
مؤلفات الشيخ محمد المدني في الحديث
- شرح الشيخ بضعة أحاديث عن طريق الإشارة.
- اللحظة المرسلة عل حديث حنظلة 1923.
- حديث العشق (الديوان).
مؤلفات الشيخ محمد المدني في التصوف
- برهان الذاكرين 1921.
- هدية الإخوان في الإيمان والإسلام والإحسان 1919.
- منهل التوحيد.
- رسالة تحفة الذاكرين وحكم العرفين 1950.
- جواهر المعاني.
مؤلفات الشيخ محمد المدني في الفقه
- الأصول الدينية 1918.
- الفتاوى.
- اللباب في إثبات الحجاب 1929.
مؤلفات الشيخ محمد المدني في البلاغة
- الجوهر المكنون (شعر)
- ديوان أنيس المريد.